1991 

• Die hessischen Landtagswahlen am 20. Januar führen zur zweiten rot-grünen Koalition.
• Auf der 13. Bundesversammlung in Neumünster (26.-28.4.) werden zahlreiche Strukturreformen vorgenommen: Der Bundeshauptausschuss wird durch den Länderrat ersetzt, der Bundesvorstand auf neun Mitglieder verkleinert und ein »Geschäftsführender Bundesvorstand« beschlossen, der aus Sprecherin und Sprecher, politscher Geschäftsführung und SchatzmeisterIn besteht. In einer »Erklärung von Neumünster« wird die Notwendigkeit betont, »einen Erneuerungs- und Reformprozeß des grünen Projekts zu befördern«. Als »ökologische Reformpartei« soll eine »Strategie radikaler Reformen, die von der Veränderbarkeit der Gesellschaft ausgeht«, verfolgt werden. Ludger Volmer und Christine Weiske werden zu SprecherInnen gewählt.
• Wenige Wochen später treten die »RadikalökologInnen« um Jutta Ditfurth aus den Grünen aus und gründen die »Ökologische Linke«.
• Auf der Fortsetzung der 13. Bundesversammlung in Köln (8.- 9.6.) wird Heide Rühle zur politischen Geschäftsführerin der Grünen gewählt.
• Im September gründet sich Bündnis 90 formell als Partei. Demokratie Jetzt und die Initiative für Frieden und Menschenrechte treten der Partei fast vollständig bei, vom Neuen Forum  nur etwa die Hälfte der Mitglieder.
• Bei den Wahlen zur Bremischen Bürgerschaft erzielen DIE GRÜNEN am 29. September 11,4 Prozent. SPD, Grüne und FDP bilden eine »Ampelkoalition«.

1992

• Im Oktober erschießt Gert Bastian Petra Kelly und begeht danach Selbstmord.
• Bündnis 90 und DIE GRÜNEN unterzeichnen im November einen Assoziationsvertrag.

1993

• Auf einer außerordentlichen Bundesversammlung in Hannover (16.-17.1.) wird der Assoziationsvertrag zwischen Grünen und Bündnis 90 mit wenigen Änderungen angenommen. Die Delegierten von Bündnis 90, das gleichfalls in Hannover tagt, stimmen dem Vertrag ebenfalls zu.
• Im April findet eine Urabstimmung über den Assoziationsvertrag statt: DIE GRÜNEN stimmen mit 91,8 Prozent, die Mitglieder von Bündnis 90 mit 85,7 Prozent zu.
• Vom 14. bis 16. Mai findet die 1. ordentliche Bundesversammlung von BÜNDNIS 90/DIE GRÜNEN in Leipzig statt. Bei den Wahlen zum ersten gemeinsamen Bundesvorstand werden in den Geschäftsführenden Bundesvorstand gewählt: Marianne Birthler und Ludger Volmer (SprecherInnen), Heide Rühle (politische Geschäftsführerin) und Henry Selzer (Schatzmeister).
• Die folgenden Monate sind geprägt von der Debatte über einen (deutschen) Militäreinsatz in Bosnien. Am 9. Oktober werden auf einer Sonder-BDK in Bonn »friedenspolitische Leitlinien« verabschiedet, in denen es unter anderem heißt: »Die internationale Durchsetzung von Menschenrechten darf sich keiner militärischen Mittel bedienen«